Ondanks de vele voordelen kent verse kabeljauw ook enkele mogelijke contra-indicaties. De eerste betreft mensen met een visallergie, die het uiteraard moeten vermijden. Een ander aspect om rekening mee te houden is het cholesterolgehalte: hoewel kabeljauw mager en vetarm is, bevat het ongeveer 50 mg cholesterol per 100 gram. Dit is geen overmatige hoeveelheid, maar mensen met een hoog cholesterolgehalte of die een cholesterolarm dieet volgen, moeten toch hun arts raadplegen.
